El Colegio Mariano de Schoenstatt, fundado en 1954, nace como respuesta a un deseo expreso del Padre José Kentenich, Fundador de la Obra internacional de Schoenstatt, de tener un colegio donde se aplique su sistema pedagógico en toda su amplitud y originalidad. Este encargo fue dado a las Hermanas de María de Schoenstatt, quienes continúan responsables de la vida del Colegio y recibieron el año 1968, de parte del Padre Fundador, la idea directriz para el quehacer pedagógico y formación de las niñas:
“Que viva la pequeña María traspasada de Dios y cercana a la vida”.
La primera sede del colegio estuvo ubicada en Av. Vicuña Mackenna 44, comuna de Santiago (1960), pero debido a su crecimiento sostenido, se trasladó en el año 1961 a las actuales dependencias, en Av. Holanda 2323, Providencia, donde el Colegio ha ido implementando la infraestructura adecuada según las necesidades y requerimientos. Avances en construcciones, áreas verdes, diseño, tecnologías y espacios deportivos, han marcado el esfuerzo por responder a los alumnos y profesores.
El desarrollo del Colegio se comprende en su totalidad en el vínculo interno con la espiritualidad que lo anima, realidad que se vio marcada por la construcción y bendición del Santuario de Schoenstatt, en las cercanías aledañas, en 1990. Desde el Santuario, la Santísima Virgen actúa como la gran Reina y Educadora de nuestros alumnos.
Un giro importante para el Colegio significó el año 2013, cuando tras una reflexión seria por parte de la Dirección de la Comunidad de Hermanas de María y el Directorio de la Institución se dio inicio a un proceso de Refundación del Colegio, con el fin de actualizar los principios que le dieron origen y que conforman el sello mariano, de acuerdo a las necesidades del tiempo actual.
Desde el año 2014 se establece una nueva estructura en la Dirección del Colegio, orientada a generar profundas transformaciones en el plano educativo, que buscan colocar al alumno como protagonista de su aprendizaje y modernizar la institución, en materia organizacional y pedagógica. En esta nueva estructura se elige, por primera vez, a un rector laico, que junto a otros laicos conforman un equipo con la Comunidad de la Hermanas en la tarea de la conducción del Colegio.
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Expresión de este proceso es que desde marzo del  2015 se integra la educación de varones (proyecto co-educacional). Tal opción ha implicado hacer replanteamientos y ajustes, respecto a nuestros ideales, valores, misión y visión, para dar una respuesta más consistente y más amplia a todas las familias que hoy día nos confían a sus hijos e hijas.
Desde la primera generación que egresó de nuestro Colegio en 1964 hasta la actualidad, se ha constatado que nuestra formación deja una huella profunda en nuestros ex alumnos, destacándose muchos de ellos en distintos ámbitos del quehacer social: la cultura, el deporte, la vida política y el compromiso público. Son muchos los niños y familias que han protagonizado nuestra historia como Colegio y que siguen protagonizando su tiempo.